Afhankelijk van de bodemopbouw en systeemkeuze wordt bepaald hoe diep er geboord moet worden.

Bodemenergie kan overal worden toegepast, er zijn gebieden in Nederland waar onder bepaalde voorwaarden bodemenergie mag worden toegepast zoals waterwingebieden of boringvrije dit is afhankelijk van de maatregelen die de provincie daar heeft opgelegd.

Op dit moment gelden er voor open systemen twee belangrijke vergunningen de eerste is een ontrekkingsvergunning om grondwater te mogen gebruiken op grond van de Waterwet (voorheen Grondwaterwet). De tweede is een lozingsvergunning om bij aanleg en onderhoud van de bronnen spuiwater te mogen lozen op het oppervlaktewater of op het riool op grond van het Lozingenbesluit. Daarnaast kunnen nog provinciale verordeningen of randvoorwaarden opgelegd worden.

Voor bedrijven biedt de overheid voor bodemenergie de Energie-investeringsaftrek (EIA), als ondernemer krijgt u een belastingvoordeel als er wordt geïnvesteerd in bodemenergie. Naast de gebruikelijke afschrijving is 44% van de investering van deze bedrijfsmiddelen aftrekbaar van de fiscale winst. Over één of meer jaren is dan de inkomstenbelasting of vennootschapbelasting lager.